Creado en 1984, busca dar continuidad al importante legado del sacerdote belga Gustavo Le Paige s.j. en San Pedro de Atacama, fortaleciendo el área de investigación y docencia, incrementando y proyectando el conocimiento en temas arqueológicos y antropológicos inaugurados por Le Paige en la década de 1950.
Mientras se desarrolla el "Proyecto nuevo Museo Gustavo Le Paige", se habilitó una Zona de Recintos Transitorios, en los cuales funciona el "Depósito Arqueológico Museable" abierto a la comunidad.