La historia del Museo Regional se remonta a 1935, cuando el Instituto de Fomento Agrícola y Minero tras la depresión salitrera busca impulsar la economía regional. La Semana Tarapaqueña abrirá el Museo Regional de Arqueología, Paleontología y Minerales creando la 1ra colección regional. Nuestro Museo es creado fromalmente para resguardo del acervo del Norte Grande el 6 de noviembre de 1960 por la UCN y profesores del Liceo de Hombres José Cubas y Julio Romero, su primer Director hasta 1965. Asumirá la Dirección don Jorge Checura hasta el año 1979.

Entre 1970-1972 el Antropólogo Dr. Horacio Larraín aportará una linea científica, en un Chile que vivía un proceso social interesado en la identidad y pasado de sus pueblos. Alentará al gestor cultural Jorge Checura a estudiar Museología en México quién retornará a Iquique iniciando un aporte sustantivo a la investigación sobre el pasado regional con el hallazgo del Santuario Inca de C° Esmeralda e investigaciónes en Pampa Iluga.

En 1979, Dina Medvinsky, Conservadora, Dirige la transición

De 1981 a 1990 Octavio Morales asumirá la Dirección y el traspaso institucional. En 1982 el MRI pasará a la administración CORMUDESI y reubicado en el Ex Palacio de Tribunales de Iquique en 1986 hasta hoy.

De 1991 al 2001, Cora Moragas, arqueóloga, asumirá el MRI dando un impulso a la nueva arqueológica regional e impulsa la oficina regional del CMN.

Del 2001 al 2003 el Director Patricio Muñóz orientará el MRI a la ciudadanía y turísmo, hasta la Dirección de Francisco Téllez, Arqueólogo (2003-2006 y 2011-2015♰) juntos crean la nueva sala Colección Isluga. La Historiadora Orietta Ojeda (2007-2010), gestionará la Sala C° Esmeralda y su conservación preventiva.

Pablo García, subrrogará del 2015 al 2018. A su retiro, la estudiante de Antropología Marizol Muñoz, asumirá como encargada hasta enero del 2019, en que asumirá la Dirección Luis Pérez Reyes, Arqueólogo, Mg. Paleontólogo, quién reforma el MRI hacia un museo profesional inclusivo.